Wat betekent de uitslag (niet)?

Uitslagen over 1B of 2LB varianten staan niet in een uitslagbrief, omdat deze niet relevant zijn voor het stellen van een diagnose. In een uitslagbrief kunnen de volgende conclusies staan:

Er is een 4LP of 5P variant aangetoond, die het klinisch beeld verklaart
Er is een 3VUS gevonden
Er is geen aanleg aangetoond

Als er een 4LP of 5P variant is aangetoond, wil dat zeggen dat de variant met respectievelijk 90% en 95% zekerheid verband houdt met een klinisch beeld. Dit betekent dat er sterke aanwijzingen zijn dat deze genetische verandering(en) de oorzaak is van de aandoening of ziekte.

Bij de identificatie van een 3VUS is er op dit moment onvoldoende informatie om te bepalen of deze variant pathogeen of benigne is en geassocieerd is met het klinisch beeld. Middels een multidisciplinair overleg tussen de aanvragend arts, laboratoriumspecialist, klinisch geneticus en medisch immunoloog wordt de classificatie van een variant (zoals hierboven beschreven) besproken. Soms kan aanvullende informatie of onderzoek (bijvoorbeeld segregatie onderzoek bij familieleden, functionele onderzoeken in onderzoekslaboratoria of RNA onderzoek) helpen om de betekenis van de variant beter te begrijpen en de classificatie aan te passen.

Als er geen aanleg is aangetoond, kan dit betekenen dat de patiënt geen erfelijke aandoening heeft, maar het is niet uitgesloten. Er kunnen meerdere technische redenen zijn waarom een erfelijke aanleg niet is aangetoond. Tot nu toe is er geen enkele genetisch diagnostische test, die alle soorten genetische varianten kan opsporen. De WES dekt voornamelijk varianten in coderende regio’s. Varianten in niet-coderende regio’s, structurele varianten (CNVs zoals deleties en duplicaties) en varianten in genen met pseudogenen (niet functionele gensegmenten lijkend in sequentie op het gen) kunnen niet of niet altijd betrouwbaar worden aangetoond. Met nieuwe technieken zoals de WGS en long-read sequencing kan dit hopelijk in de nabije toekomst wel met één onderzoek worden aangetoond. Daarnaast kunnen door filterstrategieën om de WES data te analyseren, varianten gemist worden.